県の直営ではなく、指定管理者制度の採用により、公益財団法人長崎ミュージアム振興財団が運営にあたります。民間の能力を活用しつつ、サービスの向上、経費の節減などを図ることを目的としています。
財団名 公益財団法人長崎ミュージアム振興財団理事長 金子原二郎所在地 〒850-0862 長崎県長崎市出島町2-1